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從民國86年開始，行政院原民會針對偏遠地區原住民族人，執行偏鄉原住民就醫交通費實施要點，居住地距離最近醫療院所超過40公里者，每次就醫可領1000元交通補助，20公里以上未滿40公里者也有600元，原民會醫療就醫交通費補助，每年編列一千四百萬左右公務預算，補助全台原鄉地區就醫交通，花蓮縣地方政府呈報行政院原民會補助金額是96萬，原民會核定補助金額是93萬，每年不到年底就被領光，地方民眾希望可以增加補助，不過也有部分族人根本就不知道這項補助辦法。
針對部分族人不清楚補助要點，原民會則回應，每年都會公告，各地衛生所也都會做宣導，日後會再加強，另外原民會回應交通費不足是否增加預算，表示政府資源有限。花蓮縣南北長達一百三十七公里，花蓮縣原住民人口約九萬一千多人，住的偏遠一點，如果罹患重大傷病，地區醫院又沒有足夠設備可以治療，就得長途跋涉到花蓮市區醫學中心、區域醫院就醫，交通費驚人，族人不平的說，都有繳交勞健保，但去到醫院就診就得花上比一般住在市區平地民眾多出一兩倍車資，表示醫療嚴重不平等。
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