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為了降低道路開發對環境生態的影響，公路總局在蘇花公路改善工程計畫執行前，就已擬定一份環評承諾書，其中有一項生態停工機制，要是在監測區域裡兩小時內，所設定的十五種鳥類少於97隻就必須立即停工。
但是這項生態停工機制，卻屢屢遭到花蓮各界反彈，從去年十月份縣長傅崐萁就曾經大聲抨擊「不要逼花蓮人都去養鳥野放」之後，因民進黨不分區立委田秋堇又提出，再增設七位環保委員，讓花蓮縣議員認為，這對蘇花改未來是否要因為鳥類變少而停建，會有負面的決定。
蘇花公路改善工程處則是提出解釋，工程前已經擬定的環評承諾書，是施工和停工方向的重點，環保委員的增加與否，並不會影響原本就設定好的生態停工機制。
蘇花改善工程處強調，生態停工機制也在淡江大橋的興建案，以及墾丁國家公園內的京贊大飯店開發案時使用過，目的都是為了保護生態環境，但花蓮縣議員們認為這項機制充滿針對性，不排除號召聯署，向中央表達不滿。
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