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偏鄉學校人數少，食材運送距離又遠，營養午餐的營運成本往往高於都會區的學校，不過高雄市教育產業工會調查發現，縣市合併之後，高雄市教育局將營養午餐的菜金和運費補助改以人頭計費，讓偏鄉小校的營養午餐更難營運。
高雄市教育產業工會指出，原高雄縣對於一百人以下的學校每年對菜金和運費統一補助16萬元，但是合併升格之後根據教育局每人每月150元一年以九個月計的新計算公式，一百人的學校一年只有13萬五千元的補助，五十人的學校一年也只剩六萬兩千五百元，連原來的一半都不到，越小校越吃虧。
教育局表示，除了固定的菜金和運費補助之外，包括設備更新和經濟弱勢學生都可以另外申請經費，合併之後提供給小校的營養午餐營運補助並沒有減少，不過，工會認為有不少經費看得到吃不到，申請過程也增加行政負擔，市政府應該了解偏鄉小校的營運困境，以免影響小校學生吃的權益。
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